Seit 2016 ist Gerd Amelung als Festivalmacher aktiv: Das Festival GÜLDENER HERBST – Festival Alter Musik Thüringen durchlief unter seiner künstlerischen Leitung einen tiefgreifenden Change-Prozess, der 2020 mit der Konzentration auf eine thüringische Residenzstadt realisiert wurde. Das Festival ist dank seiner Arbeit zu einem wichtigen Akteur der deutschen Alte-Musik-Szene geworden.
Von Dezember 2022 bis Mai 2023 vertrat er die Intendanz der Händel-Festspiele Halle 2024. Dort initiierte und betreute unter anderem die künstlerische Rekonstruktion von G. F. Händels Titus l’Empereur (opera settecento, mus. Leitung: Leo Duarte, Regie: Klara Kofen) und das neu konzipierte Melodram Manon Lescaut mit Musik von Händel und Rameau (Konzert „Handel’s Library“ am 6. Juni 2024, Händelfestspielorchester, mus. Leitung: Attilio Cremonesi, Rezitation: Axel Thielmann).
Seit Dezember 2024 hat er die Intendanz des Heinrich Schütz Musikfest 2026 inne.